Kronisk underernæring er et alvorlig problem på Madagaskar, rangert som nest dårligst på «Global Hunger Index» 2023. Nær halvparten av barna under 5 år er kronisk underernærte, noe som kan skade utviklingen deres og gi varige men. Mange barn lider av "stunting", hvor høyde og vekt er vesentlig lavere enn aldersnormen, noe som påvirker kognisjon og skjelettutvikling og ikke kan korrigeres senere. Dette hindrer barns potensiale og bidrar til fattigdom.

Mødre er også ofte underernærte, noe som gir lav fødselsvekt og økt risiko for fødselsskader. Mangel på vitamin A kan føre til blindhet hos nyfødte. Erfaringer fra andre afrikanske land viser at tilskudd av moringapulver til gravide og ammende kan forbedre fødselsvekt, helse og morsmelkproduksjon.

Omtrent 80 % av befolkningen på Madagaskar lever for under 2 dollar om dagen. Landets kosthold består hovedsakelig av ris og andre karbohydrater, som kan dekker kaloribehovet, men mangler fett, proteiner, mineraler og vitaminer, noe som fører til mangelsykdommer. Ris er også en sårbar avling i et land som stadig rammes av tørke og ekstremvær.

Madagaskar er Afrikas mest syklonutsatte land, med 25 % av befolkningen i svært utsatte områder. En stor utfordring er omfattende avskoging, hvor over 90 % av regnskogen er fjernet, hovedsakelig grunnet hogst og beiteutvidelse. Dette påvirker klimaet og har ført til kraftigere ekstremvær, som sykloner, tørke og flom, noe som igjen forårsaker jorderosjon og tap av dyrkbar jord.